去碳功能
养殖池内的悬浮固体及沉积物严重破坏水环境，引致动物患病。芽孢杆菌可以通过其酶的作用分解悬浮物和沉积物，从而维持水生生态环境的平衡。
去氮、去硫功能
过量的N、P排入城市水体环境引起公共池塘富营养化，在池塘内易形成对水产动物有毒性的氨氮、硫化氢，影响进行动物的生长，甚至导致死亡。而芽孢杆菌可利用其丰富的酶，分解氮系、硫系污染物,净化养殖污染水体。
絮凝作用
芽孢杆菌的絮凝效果很好，复合芽孢杆菌的絮凝效果优于单一芽孢杆菌。这种絮凝作用能使水体中的有机碎屑粘附在一起形成细菌胶束，承担氧化和分解的任务，将有机物结合起来形成絮凝作用，使重金属离子和磷元素沉淀、水净化。
硝化作用
在芽孢杆菌的作用下，硝酸盐会被亚硝酸盐、一氧化氮和一氧化二氮还原成氮，即芽孢杆菌是需氧和具有兼性厌氧菌的，以分子氧为载体，而硝酸盐则可作为最终的电子载体，在氧气供应不足的时间和空间内产生氮氧化和氮气。硝酸盐可以反硝化出系统，以提高 pH 值。
一般来说，芽孢杆菌对碳系、氮系、磷系、硫系污染物的分解能力很强，对蛋白质、复合多糖、水溶性有机物的分解能力也很强!